Les traitements post-exposition (PEP) et la prophylaxie pré-exposition (PrEP), comme de nombreux médicaments, peuvent induire des effets secondaires dont la gravité varie d'une personne à l'autre. Les effets secondaires courants des traitements PEP incluent nausées, diarrhée, fatigue, maux de tête et, dans certains cas, toxicité hépatique ou réactions allergiques. De même, les traitements PrEP peuvent provoquer des effets secondaires tels que nausées, douleurs abdominales et maux de tête, avec des conséquences potentielles à long terme sur la fonction rénale ou la densité osseuse.