Les médicaments PEP et PREP, comme de nombreux médicaments, peuvent induire des effets secondaires, qui varient en gravité entre les individus. Les effets secondaires courants des médicaments PEP comprennent les nausées, la diarrhée, la fatigue, les maux de tête et, dans certains cas, la toxicité hépatique ou les réactions allergiques. De même, les médicaments de préparation peuvent provoquer des effets secondaires tels que les nausées, l'inconfort abdominal et les maux de tête, avec des implications potentielles à long terme sur la fonction rénale ou la densité osseuse.