De behandelingsmogelijkheden hangen af ​​van de specifieke aandoening. Hypothyreoïdie wordt vaak behandeld met synthetische schildklierhormoonvervangingstherapie. Hyperthyreoïdie kan worden behandeld met schildklierremmende medicijnen om de hormoonproductie te reguleren, en in sommige gevallen kan een chirurgische ingreep zoals een thyreoïdectomie worden aanbevolen. Daarnaast dragen goede voeding, zoals voldoende jodium en selenium, stressmanagement, regelmatige lichaamsbeweging en het vermijden van overmatige inname van bepaalde stoffen (zoals soja en een te hoge jodiuminname) ook bij aan een goede schildklierfunctie.