Les options de traitement dépendent du trouble spécifique. L'hypothyroïdie est souvent prise en charge par un traitement hormonal substitutif thyroïdien de synthèse. L'hyperthyroïdie peut être traitée par des médicaments antithyroïdiens afin de réguler la production d'hormones, et dans certains cas, une intervention chirurgicale comme la thyroïdectomie peut être recommandée. Cependant, une alimentation équilibrée, riche en iode et en sélénium, ainsi qu'une bonne gestion du stress, une activité physique régulière et la limitation de la consommation de certaines substances (comme le soja et l'iode en excès) contribuent également au bon fonctionnement de la thyroïde.